Pimpinan tertinggi Pasundan Halal Centre dipegang oleh Ketua. Ketua dalam tugasnya dibantu langsung oleh Sekretaris dan bagian Publikasi. Ketua membawahi 3 ketua departemen fungsional. Ketiga departemen tersebut yaitu Departemen Lembaga Pemeriksa Halal (LPH), Departemen Konsultasi & Pendampingan Halal, dan Departemen Keluarga Saudagar Muslim. Semua Departemen bekerja sama untuk mencapai tujuan organisasi. Berikut ini struktur organisasi pada Pasundan Halal Centre:
Struktur organisasi Pasundan Halal Centre
Dewan Pembina : Prof. Dr. Ir. H. Eddy Jusuf Sp, M.Si., M.Kom. (Rektor UNPAS) : Dr. H. Jaja Suteja, SE, M.Si. (Wakil Rektor 1 UNPAS)
Ketua : Dr. Anton Minardi, MAg., MA.
Sekretaris : Rini Triani, MSc., PhD.
Bendahara : Nabila Marthia, ST.
Publikasi : Effi Rusianti, SPt., MSoc.
Ka. Dep. LPH : Jaka Rukmana, MT.
Ka. Dep. KPH : Dr. Dede Zainal Arief, MSc.
Ka. Dep. KSM : Sidik Nurjaman, MT.
